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基于GenoLab M的腫瘤液體活檢單細胞樣本制備方法優化
時間:
2024-02-04
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基于GenoLab M的腫瘤液體活檢單細胞樣本制備方法優化


文章梗概

2023年8月,真邁生物用戶俄羅斯科學院托木斯克國家研究醫學中心癌癥研究所的Anastasia Frolova博士在國際刊物Bulletin of Experimental Biology and Medicine在線發表題為“Preparation of a Single-Cell Suspension from Tumor Biopsy Samples for Single-Cell RNA Sequencing”的研究成果,該研究團隊開發了多種腫瘤活檢標本的解離方法,均成功制備了高于80%活力的細胞懸浮液,通過GenoLab M測序儀進行scRNA-seq后,最終確定了樣品制備的最佳方式為:機械解離后,添加DNAase I的膠原酶/透明質酸酶混合物一起孵育60分鐘。該研究優化了腫瘤活檢組織制備單細胞懸浮液以進行單細胞RNA測序的方法。


背景介紹

腫瘤具有顯著的細胞異質性,涉及到多種細胞類型,了解其細胞間相互作用對疾病治療至關重要。單細胞轉錄組測序(scRNA-seq)是在單個細胞水平進行高通量轉錄組測序的一項新技術,能夠有效解決細胞異質性以及組織轉錄組測序(bulk RNA-seq)被掩蓋的細胞群內轉錄組異質性難題。近年來,scRNA-seq提供了研究腫瘤細胞生物學特性和基因表達的新視角,但只有制備出高質量的單細胞懸浮液樣本,才能開展scRNA-seq研究。


*以下為該研究成果解讀

結果概要

該研究優化腫瘤活檢樣本制備單細胞懸浮液的方法。他們通過機械離解和酶解離的組合,特別是機械離解結合膠原酶/透明質酸酶混合物的使用,最終獲得了至少80%存活率的單細胞懸浮液。在獲得的懸浮液樣本中,進行了scRNA-seq分析,成功鑒定了不同細胞類型,包括腫瘤細胞、單核細胞、T細胞、B細胞、樹突狀細胞和自然殺傷細胞。圖1是詳細的scRNA-seq測序流程,從獲得腫瘤活檢組織開始到scRNA-seq測序獲得不同的細胞亞群的全過程。


基于GenoLab M的腫瘤液體活檢單細胞樣本制備方法優化


結論

該研究為scRNA-seq提供了可靠的樣本制備方法,能夠獲得高質量、高存活率的單細胞懸浮液。這種方法的成功為未來腫瘤生物學研究提供了重要工具,有望幫助科學家更全面地理解腫瘤細胞之間的交互作用和基因表達差異,為個性化醫療和腫瘤治療策略的設定提供支持。


參考文獻

Frolova A A, Gerashchenko T S, Patysheva M R, et al. Preparation of a Single-Cell Suspension from Tumor Biopsy Samples for Single-Cell RNA Sequencing[J]. Bulletin of Experimental Biology and Medicine, 2023, 175(4): 519-523.

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